创新型企业估值的困难，给证券市场的定价能力提出了新的挑战，其突出表现就是创新型上市公司股价的大幅波动。

比如，在网络股风起云涌时，NASDAQ就遇到过这样的问题，这个时期开发出来的一些网络股定价模型，差异很大，有的应用效果较好，有的不理想，有的事后看完全是一个笑话，但时至今日仍然没有一个成熟的网络股定价模型。

再比如，由于对创新型企业的估值困难和投资者偏好的变化，二级市场的股价巨幅波动也考验着投资者的风险承受能力。在美国上市的中国内地企业，有些在二级市场上高奏凯歌股价一路走高，已经成为“10倍牛股”；有些在上市后的两年里演绎“慢熊”行情，股价跌幅已经比上市时最高点跌去了90%多；有些则跌宕起伏，SOHU等三大早期上市的三大门户网站在2000-2001时都经历过下跌时股价跌幅超过95%，此后上涨时股价涨幅超过30倍的情况。